Al darse de alta como autónomo, la Agencia Tributaria ofrece un régimen diferente, conocido como módulos, a la hora de realizar la tributación de nuestro negocio. Este sistema, también conocido como Estimación Objetiva del IRPF, es seguido en España por más de 400.000 empresarios. 
Se caracteriza porque tiene un sistema de pagos de impuestos que no depende del beneficio real del negocio, ya que, este se calcula en función de unos indicadores o módulos relacionados con el objeto del negocio. Estos, dependiendo de la actividad, podrían ser la superficie del local utilizado para el negocio, el consumo eléctrico, el número de empleados, las mesas utilizadas, etc. De este modo, por ejemplo, un local grande paga más que uno pequeño. Es un sistema que no se flexibiliza, se paga siempre una misma cuota trimestral independientemente del beneficio obtenido. Así como el sistema de estimación directa, conocido como facturación, tributa en función de los ingresos y gastos declarados, el de módulos lo hace en función de esos parámetros sin necesidad de tener un control exhaustivo de todos los ingresos facturados.

Cabe indicar que, no todos los negocios pueden acogerse a este régimen, existe un listado de actividades que se publica todos los años bajo una Orden del Ministerio de Hacienda, y solo lo pueden utilizar los autónomos personas físicas, nunca las sociedades. Suele ser común este régimen en pequeños negocios de los sectores de agricultura, pesca, hostelería, comercio, transporte de mercancía y taxis.